Fundada por grupos toltecas y chichimecas pero habitada por grupos nahuas. Tuvo nexos importantes con Tlaxcala, Cholula y Huejotzingo. Por los códigos de Calpan se sabe que fue un pueblo guerrero sobresaliente. Estuvo en la ruta de la conquista y su posición fue clave para los españoles ya que con la ayuda de los calpenses su ejército se dirigió al valle de México. En 1524 formó parte de la primera encomienda de Cortés. En 1548 los franciscanos construyeron en templo de San Andrés. En 1895 se constituyó el municipio.
Ex-convento de San Francisco de Asis
Este convento se empezó a construir en 1548. Se cree que sus famosas capillas se edificaron en su primera etapa junto con la capilla abierta y en una segunda etapa el templo y el claustro. Como todo monasterio cuenta con un coro para los monjes, la nave para los fieles y el altar principal. Su fachada combina elementos decorativos medievales como las volutas isabelinas del arco de entrada con otras de carácter renacentista como la concha que corona la fachada. Sus posas se han convertido en joyas de arquitectura. La importante iconografía de estas posas talladas en piedra han hecho que expertos mencionen que no hay otro monumento del siglo XVI en México con una decoración tan elaborada de escenas en relieve.